लेखापरीक्षा का अधिदेश और चार्टर रक्षा लेखा महानियंत्रक की अध्यक्षता में रक्षा लेखा विभाग को लेखांकन और भुगतान कार्यों के अतिरिक्त सभी व्यय और प्राप्तियों का आंतरिक लेखापरीक्षा करने का अधिदेश दिया गया है। सचिव (रक्षा वित्त)/वित्तीय सलाहकार (उप सचिव) रक्षा व्यय के क्षेत्र में वित्त मंत्रालय के प्रतिनिधि और रक्षा सेवाओं के लिए मुख्य लेखा अधिकारी के रूप में दोहरी भूमिका में कार्य करते हैं, और सीजीडीए के माध्यम से इस दायित्व का निर्वहन करते हैं। आंतरिक लेखापरीक्षा के प्रमुख के रूप में रक्षा लेखा महानियंत्रक और मुख्य लेखा अधिकारी के रूप में उप-महानिदेशक (वित्त)/वित्तीय सलाहकार (उप सचिव) रक्षा सचिव को रक्षा मंत्रालय के मुख्य लेखा प्राधिकारी के रूप में उनकी भूमिका और दायित्व के निर्वहन में सहायता प्रदान करते हैं। आंतरिक लेखापरीक्षा का कार्य पीसीएसडीए/सीएसडीए के नेटवर्क के माध्यम से किया जाता है। रक्षा लेखा विभाग में लेखापरीक्षा का यह अधिदेश भारत में सैन्य वित्त विभाग से प्राप्त हुआ है, जो भारत सरकार के अधीन कार्यरत था। उपरोक्त अधिदेश में सेवा मुख्यालय सहित भारत सरकार से निचले सभी प्राधिकारियों द्वारा दी गई स्वीकृतियों का लेखापरीक्षा शामिल है। भुगतान जारी होने से पहले पीसीएसडीए/सीडीए द्वारा प्रत्येक स्वीकृतियों का लेखापरीक्षा किया जाना अपेक्षित है। स्वीकृति का लेखा-परीक्षण करते समय, यह सत्यापित किया जाता है कि सक्षम प्राधिकारी द्वारा स्वीकृति प्रदान की गई है, जहाँ भी आवश्यक बजट उपलब्ध है, संबंधित लेखा-शीर्ष के अंतर्गत वित्तीय सहमति प्राप्त की गई है और उचित दर पर खरीद की गई है। रक्षा लेखा विभाग द्वारा रक्षा प्राप्तियों और व्ययों का लेखा-परीक्षण जिन व्यापक और सामान्य सिद्धांतों के आधार पर वे रक्षा लेखा-परीक्षण संहिता (वेबसाइट पर उपलब्ध) दी गई है। लेखा-परीक्षा का प्राथमिक कार्य लेखा-परीक्षण और पूर्णता की पुष्टि करना है ताकि यह सुनिश्चित किया जा सके कि सभी प्राप्तियाँ उचित शीर्ष के अंतर्गत लेखा-परीक्षण में दर्ज की गई हैं, सभी व्यय और संवितरण अधिकृत, प्रमाणित और सही ढंग से वर्गीकृत हैं और अंतिम लेखा उन वित्तीय लेन-देनों का पूर्ण और सत्य विवरण प्रस्तुत करता है जिन्हें वह प्रदर्शित करना चाहता है। इसके अलावा, सभी रक्षा इकाइयों और संरचनाओं के भंडार और सार्वजनिक निधि खातों के लेखा-परीक्षण और निरीक्षण के बारे में विस्तृत निर्देश दिए गए हैं। ये निर्देश सेना, नौसेना और वायु सेना के लिए स्थानीय लेखा-परीक्षण नियमावली में निहित हैं। आईसी-आरएम ढांचे के अनुसार जोखिम धारणा के संदर्भ में प्रतिशत जाँच और लेखा-परीक्षण की आवधिकता निर्धारित की गई है। निर्धारित प्रक्रियाओं में जोखिम मूल्यांकन और जोखिमों के शमन की संभावना के संदर्भ में निर्देशों की समय-समय पर समीक्षा की जाती है। आंतरिक लेखापरीक्षा मुख्य रूप से प्रधान नियंत्रकों और रक्षा लेखा नियंत्रकों द्वारा क्षेत्रीय/क्षेत्रीय लेखा कार्यालयों, स्थानीय लेखा परीक्षा अधिकारियों (एलएओ) और उनके अधीन कार्यरत क्षेत्रीय लेखा परीक्षा अधिकारियों (आरएओ) के माध्यम से की जाती है। इसी प्रकार, आयुध कारखानों और आयुध निर्माणी बोर्ड का आंतरिक लेखापरीक्षा कोलकाता स्थित मुख्य आंतरिक लेखा परीक्षक (ओएफ) द्वारा किया जाता है। गंभीर अनियमितताओं से संबंधित लेखापरीक्षा निष्कर्ष/निष्कर्ष आंतरिक लेखापरीक्षा रिपोर्ट के रूप में एसडीएफ/एफए(डीएस) और रक्षा सचिव को प्रस्तुत किए जाते हैं और संबंधित पीसीडीए/सीएसडीए द्वारा अनुवर्ती कार्रवाई की जाती है। सभी रक्षा प्रतिष्ठानों के आंतरिक लेखापरीक्षा के परिणाम सीजीडीए विनियोग लेये में शामिल करने के लिए  दिए जा रहे वार्षिक लेखापरीक्षा प्रमाणपत्र में परिलक्षित होते हैं, जिन्हें नियंत्रक एवं महालेखा परीक्षक द्वारा प्रतिहस्ताक्षरित किया जाता है और संसद में रखा जाता है।